Předsedou redakční rady nového časopisu se stal doc. dr. Milan Kopecký, L. Nový byl jedním z členů redakční rady. Ta byla, stejně jako dnes, tvořena zástupci jednotlivých fakult.
Se změnou politické situace se změnilo i složení redakční rady, jejím předsedou se stal doc. dr. Ivan Dorovský. Universitas se tehdy dostala pod tentýž ideologický vliv jako všechny ostatní časopisy v tehdejší ČSSR. I za této situace se ovšem snažila, alespoň v přírodovědeckých oborech, přinášet relevantní informace z vědeckého života. V této době se počet ročních čísel zvětšil z původních 4 na 6.
V roce 1990 se Universitas přihlásila k programu z doby svého založení. Byla změněna její redakční rada, do jejíhož čela se dostala doc. dr. Ivana Holzbachová. Z velké části se změnilo i složení redakční rady, ale pravidlo, že by měly být zastoupeny všechny fakulty, se zachovává dodnes (nepovedlo se to však u Fakulty informatiky). Formální struktura příspěvků do Universitas se výrazněji změnila až v roce 1993, kdy se obnovila čtvrtletní periodicita časopisu, a v souvislosti se vznikem Univerzitních novin byla vypuštěna část týkající se aktuálního zpravodajství, lépe zajišťována právě Univerzitními novinami a později Muni.cz, které vycházejí častěji.
Universitas zachovává pravidlo, že většinu jeho prostoru zabírají odborné statě, které informují o vědeckých výzkumech v jednotlivých oborech. Vedle toho seznamuje s dějinami univerzity, ať připomínáním výročí jejích významných pracovníků, tak ve spolupráci s Archivem MU statěmi o jejích dějinách a v neposlední řadě zařazováním vzpomínek na minulost univerzity. Obsahuje také část recenzní věnovanou publikacím pedagogických a vědeckých pracovníků MU. Snaží se zařazovat diskuse k aktuálním otázkám vědeckého a společenského života (klonování, masové sdělovací, prostředky, hodnocení vědecké práce, čeština ve studentských pracích aj.), případně poukazovat na některé problémové oblasti v rubrice "Jak to vidím já".
